外国人投資申告をして資本金を払い込めば手続きが終わり、というわけではありません。出資目的物の払込を終えた日から60日以内に、「外国人投資企業」として登録する必要があります（外国人投資促進法第21条第1項、同法施行令第27条第1項）。
登録後も、増資による新たな外国人投資、日本本社による株式の譲渡、減資による持株の減少、外国人投資比率や商号の変更などがあった場合は、変更登録が必要です（同法第21条第3項）。
外国人投資企業登録証明書は、D-8ビザの申請や銀行での手続きなど、さまざまな場面で求められます。法人登記の変更と外国人投資企業の変更登録は別の手続きのため、両方を漏れなく進めることが大切です。